4691 Sayılı Kanun gereğince bölgelerde sağlanan destek ve muafiyetler 3 temel başlık altında gösterilmiştir.
1) Yönetici Şirketlere
- Bölgelerin kurulması için gerekli alt yapı, idare binası ve kuluçka merkezi inşası ile Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerini desteklemeye yönelik yönetici şirketçe yürütülen veya yürütülecek kuluçka programları, teknoloji transfer ofisi hizmetleri ve teknoloji işbirliği programları ile ilgili giderlerin, yönetici şirket tarafından karşılanamayan kısmı, yardım amacıyla bütçe imkânları ölçüsünde Bakanlık tarafından karşılanabilir.
- Yönetici şirket Kanunun uygulanması ile ilgili olarak düzenlenen kağıtlardan ve yapılan işlemlerden dolayı damga vergisi ve harçtan muaf tutulmaktadır.
- Yönetici şirketin bu kanunun uygulanması kapsamında elde ettiği kazancı 31.12.2023 tarihine kadar gelir ve kurumlar vergisinden muaf tutulmaktadır.
- Atık su arıtma tesisi işleten Bölgelerden atık su bedeli alınmamaktadır.
- Bölge içerisinde yer alan hazinenin özel mülkiyetinde veya Devletin hüküm ve tasarrufu altında bulunan taşınmazlar üzerinde irtifak hakkı tesisinin veya kullanma izni verilmesinin talep edilmesi halinde, Maliye Bakanlığı tarafından yönetici şirket lehine ilk beş yılı bedelsiz olarak, devam eden yıllar için yatırım konusu taşınmazın emlak vergi değerinin binde ikisi karşılığında irtifak hakkı tesis edilir veya kullanma izni verilir. İrtifak hakkı tesis edilen ve kullanma izni verilen bu taşınmazlar üzerinde yapılacak faaliyetlerden hasılat payı alınmaz. Bu fıkranın uygulamasına ilişkin usul ve esasları belirlemeye ve irtifak hakkı veya kullanma izni bedelini, Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığınca belirlenen sosyo-ekonomik gelişmişlik sıralamasına göre iller itibarıyla farklılaştırmaya veya sıfıra kadar indirmeye Maliye Bakanlığı yetkilidir.
2) Girişimcilere
- Bölgede faaliyet gösteren gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin, münhasıran bu Bölgedeki yazılım ve Ar-Ge faaliyetlerinden elde ettikleri kazançları 31.12.2023 tarihine kadar gelir ve kurumlar vergisinden muaf tutulmaktadır.
- Bu süre içerisinde münhasıran bu bölgelerde ürettikleri ve sistem yönetimi, veri yönetimi, iş uygulamaları, sektörel, internet, mobil ve askeri komuta kontrol uygulama yazılımı şeklindeki teslim ve hizmetleri de katma değer vergisinden muaf tutulmaktadır.
- Bölgede çalışan Ar-Ge ve destek personelinin bu görevleri ile ilgili ücretleri 31.12.2023 tarihine kadar her türlü vergiden muaf tutulmaktadır. Ancak muafiyet kapsamındaki destek personeli sayısı Ar-Ge personeli sayısının yüzde onunu aşmamalıdır.
- Ancak, Bölgelerde yer alan girişimcilerin yürüttükleri Ar-Ge projesi kapsamında çalışan Ar-Ge personelinin, Bölgede yürüttüğü görevle ilgili olarak yönetici şirketin onayı ile Bölge dışında geçirmesi gereken süreye ait ücretlerinin bir kısmı gelir vergisi kapsamı dışında tutulur. Kapsam dışında tutulacak ücret miktarı, Maliye Bakanlığının uygun görüşü alınarak hazırlanacak yönetmelikle belirlenir. Yönetici şirketin onayı ile Bölge dışında geçirilen sürenin Bölgede yürütülen görevle ilgili olmadığının tespit edilmesi halinde, ziyaa uğratılan vergi ve buna ilişkin cezalardan ilgili işletme sorumludur.
- Bölgede yer alan firmalar, Bölgede başlatıp sonuçlandırdıkları Ar-Ge projeleri sonucu elde ettikleri teknolojik ürünün üretilmesi için gerekli yatırımı, yönetici şirketin uygun bulması ve Bakanlığın izin vermesi şartıyla Bölge içerisinde yapabilirler. Söz konusu yatırıma konu olan teknolojik ürünün üretim izin belgeleri, ilgili kurum ve kuruluş tarafından Bakanlık görüşü alınarak, öncelikle verilir. Bu yatırımlara ilişkin faaliyetler, 4/1/1961 tarihli ve 213 sayılı Vergi Usul Kanunu gereğince tutulması zorunlu defterlerde, yatırım yapan işletmelerin Bölgede yürüttükleri Ar-Ge faaliyetlerinden ayrı olarak izlenir. Bu yatırımlar nedeniyle Bölgede çalışan personel ve bu yatırımlarından elde edilecek kazançlar Bölge dışında faaliyet gösteren işletmelerin ve bunların personelinin tabi olduğu esaslara göre vergilendirilir.
3) Öğretim Üyelerine
- Bölgelerde görevlendirilen öğretim üyelerinin Bölgede elde edecekleri gelirler üniversite döner sermaye kapsamı dışında tutulmaktadır.
- Öğretim elemanları Üniversite Yönetim Kurulu izni ile yaptıkları araştırmalarının sonuçlarını ticarileştirmek amacı ile bu Bölgelerde şirket kurabilmekte, kurulu bir şirkete ortak olabilmekte ve/veya bu şirketlerin yönetiminde görev alabilmektedirler.
5746 sayılı kanun kapsamında Girişimcilere sağlanan muafiyet
5746 Sayılı Araştırma Ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun Ve Kanunun Uygulanması kapsamında bölgede yer alan işletmelerde çalışan Ar-Ge ve Destek personeli ile 4691 sayılı teknoloji geliştirme bölgeleri kanunu uyarınca ücretine gelir vergisi istisnası uygulanan personelin ücretleri üzerinden hesaplanan sigorta primi işveren hissesinin %50 si her bir çalışan için beş yıl süreyle maliye bakanlığı bütçesine konulacak ödenekten karşılanır.
Maliye Bakanlığı Kurumlar Vergisi Genel Tebliği:
- 03 Nisan 2007 tarih ve 26482 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan maliye bakanlığı kurumlar vergisi genel tebliği (Seri No:1) TGB ‘lerde yazılım ve Ar-Ge faaliyetlerinde bulunan şirketlerin bu faaliyetleri sonucu buldukları ürünleri kendilerinin seri üretime tabii tutarak pazarlamaları halinde, bu ürünlerin pazarlanmasından elde edilen kazançların lisans, patent gibi gayri maddi haklara isabet eden kısmı transfer fiyatlandırması esaslarına göre ayrıştırtılmak suretiyle istisnadan yararlandırılabilecektir.
- İstisnadan yaralanan Ar-Ge projelerine ilişkin olarak TÜBİTAK ve benzeri kurumlar tarafından ilgili mevzuat çerçevesinde hibe şeklinde sağlanan destek tutarları ile diğer kurumların bu mahiyetteki her türlü bağış ve yardımları kurum kazancına dahil edilecek ve istisnadan yararlandırılacaktır.
- Yönetici şirketlerin ilgili mevzuat uyarınca anonim şirket olarak kurulması zorunlu olduğundan, bu şirketlerden yapılan kiralamalarda ödenen kira bedelleri üzerinden vergi kesintisi yapılmayacaktır.